“我40年前开始从事畜牧业时，事故率更低”，兵库县北部新温泉町的一位日本老养殖户露出了不安的表情。他把流产和牛犊发育不良称为“事故”。据他说，事故发生率呈现出小幅上升趋势，而且停不下来。
新温泉町有50多户养殖户从事“但马牛”的繁殖和肥育。“但马牛”长大后达到标准，就作为黑毛和牛的最高级品牌“神户牛肉”上市。被誉为日本和牛圣地的这一城镇开始担忧的问题可能会成为整个行业的课题。
主流是A5等级，基因均一化导致发育不良
据日本兵库县农业共济组合统计，2017年该县境内肉用牛的胎儿和牛犊死亡或因疾病和事故而无法成长的比例为5.2％。30年里上升了1.8个百分点。包括养殖环境变化等，虽然原因是多方面的，但畜牧行业认为原因之一是“基因均一化”。
“过度的近亲配种可能会导致繁殖效率和发育效率降低”，熟悉日本和牛的神户大学教授大山宪二这样指出。
背后原因是“霜降至上主义”。牛肉进口自由化以后，日本开始大力生产细腻地含有雪花纹（网状脂肪）的牛肉。1995年相当于“A5”等级的日本和牛比例为总体的14％左右，2021年则上升到了46％。
为了生成霜降肉，生产者用于人工授精的精子集中于容易产生雪花纹的特定公牛上。日本农林水产省的统计显示，在2018年度交易的31万头牛犊中，超过3成均来自仅仅5头牛的精子。来自前15头种牛的牛犊占比高达6成，大多数牛都存在近亲关系。
兵库县为了维持品牌，采取了不让本地牛与其他县的牛配种的方针。2018年显示近亲配种程度的“近亲配种系数”为25.4％。在约30年里上升了近10个百分点，高达日本全国平均水平的近3倍。大山宪二敲响警钟称“兵库县发生的问题今后可能会成为整个日本的问题”。
调整评价指标，也出现了喜欢瘦肉的消费者
熟悉遗传学的京都产业大学的野村哲郎教授指出“完全依赖特定的遗传基因是危险的。一度消失的基因将无法挽回”。难以形成雪花纹的基因正经人类之手被逐渐淘汰。如果不保留多样性，不保留品种改良的余地，就无法适应市场和环境的变化。
世界史上有过因基因均一化而造成悲剧的教训。在19世纪的爱尔兰出现了主食土豆因传染病而歉收的例子。野村分析称“因为基因都一样，没有个体可以对抗传染病”。这一事件被叫做土豆饥荒，导致100多万人死亡。粮荒造成了很多海外移民，成为产生爱尔兰裔美国人的根源。
畜牧界也开始考虑对策。日本“全国和牛登录（注册）协会”的会长向井文雄提出“必须调整一味重视霜降肉的姿态”。
兵库县从2020年开始在肉食批发市场上测量油酸等（神户市）
日本全国和牛登录协会每5年会召开一次名为“日本全国和牛能力共进会”的品评会，也被称做“和牛奥林匹克”。从今年10月召开的鹿儿岛大会开始将调整评价指标。计划增加雪花纹以外的评价项目，比如评价带来和牛独特风味的油酸等的含量等。目的是促进多样化培育。
兵库县也从2020年4月开始在神户牛肉的评价指标中引进了油酸等。各产地也开始调整评价指标，比如日本鸟取县将加入红肉（瘦肉）所含的糖原等。
在日本国内，随着人们健康意识的提高，红肉的人气逐年提高。2010年代上半期，日本掀起了一边管理温度和湿度一边存放几周、增加了甜味的“熟成肉”热潮。宣传红肉魅力的“Niku Bar”这一新餐饮业态也在日本猛增。
为了增加雪花纹而给牛投喂大量营养的饲养方法从动物福利的角度来看也在国际上备受非议。还出现了专门培育红肉的畜产农户，生产者的战略也越来越多样。从事畜牧业咨询的MeatTech（东京港区）社长中山智说“如果消费者开始愿意为雪花纹以外的要素花钱，那生产现场也会改变”。
日本农林水产品的出口额2021年首次突破了1万亿日元。日本政府提出了“到2030年实现5万亿日元”的目标，目前的日元贬值也将起推动作用。成功与国外产品实现差异化的和牛将引领“日本制造”这一品牌。而这种可持续性或许将左右日本农林水产业的未来。