有网友表示：“南京九华山玄奘寺供奉日本战犯灵位实在不像话。这真不是上纲上线，这不是阻碍中日正常交往，寺庙这样不相信是僧侣错认祖宗估计是见钱眼开，这更是监管失职，当查清来龙去脉前因后果向社会说明绝不能一遮一撤了之。”
针对关于玄奘寺供奉牌位有关情况，据南京市委宣传部新闻发布官方微博，玄武区民族宗教事务局将对伤害民族感情的行为一查到底。
江苏省南京市民族宗教事务局官方微博7月22日消息，关于玄奘寺供奉牌位有关情况，玄武区民族宗教事务局通报称，据初步了解，今年2月，寺方发现相关情况后，已予以纠正。针对上述情况，该局决定对该寺开展整顿。