菲律宾海岸警卫队3月27日曾经通报，中国海警船在南中国海争议海域逼近菲律宾海警船。
菲律宾政府周二（5月31日）透露，为了抗议中国海警船在菲律宾领海内涉嫌骚扰一艘台湾海洋研究船，当局已经召见一名北京高级外交官。
菲律宾外交部表示，4月13日该部门召见一名中国驻马尼拉大使馆的高级官员，以抗议中国海警在菲律宾海域骚扰正进行海洋科学研究的台湾“励进研究船”（RV Legend）。该船为台湾籍，船上载有菲律宾科学家。
“外交部对侵犯菲律宾主权和我们海上管辖范圍内的主权权利行为，采取适当的外交行动。”菲律宾当局表示。
菲律宾外交部并未说明为何在事件发生一个多月后，才对事件发表评论。中国大使馆则尚未就此事发表评论。
法新社报道，有关事件是由美国华府智库亚洲海事透明倡议组织（Asia Maritime Transparency Initiative，AMTI）在5月26日发表的报告中指出，中国海警挑战南海菲律宾专属经济区（EEZ）内的海洋科研活动。
报告称，中国海警船CCG 5203在3月23日驶离南沙群岛的美济礁时，以2至3海里距离，尾随跟踪台湾励进研究船，当时该船只正在菲律宾领域进行研究。
4月6日，中国海警船CCG 5203船再次尾随励进研究船，且伴航著菲律宾海岸防卫队（Philippine Coast Guard）巡逻舰卡彭斯号（BRP Capones）。
中国海警船持续跟踪，直到菲律宾海岸防卫队巡逻舰返回圣费南多（San Fernando）港口，以及励进研究船在3天后驶回台湾，才停止跟踪行动。
美联社亦引述参与该海洋科学研究的人员称，上个月，一艘中国海岸警卫队的船对励进研究船研究船进行跟踪，该船载有五名菲律宾科学家和一名美国科学家，还有几名台湾人。
该研究船的调研是菲律宾机构与台湾中央大学的合作项目，目的是帮助绘制海上断层和其他可能引发地震、海啸和其他危险的地质特征。
制造碰撞危险
亚洲海事透明倡议组织还报告说，中国船只在另一领海骚扰了在仁爱暗沙（Second Thomas Shoal）的菲律宾海岸防卫队船只“BRP Cape Engaño”。
该智库表示，（这些事件）表明北京决心控制九段线内的海上活动，并对海上碰撞造成极高风险。
另外，菲律宾外交部也表示，它仍在调查“外国海岸警卫队船只在礼乐滩（Reed Bank）事件”。2019年，一艘菲律宾渔船在这里沉没，引发了菲国社会愤怒。该部补充表示，这些事件“明显侵犯了菲律宾的海洋管辖权”。
“我们向菲律宾人民保证，外交部在维护菲律宾利益、保护和维护国家安全和领土完整方面将保持坚定。”菲律宾外交部称。
菲国新政府如何处理中南海争议？
菲律宾与中国长期在南海有主权争议，近年来，菲律宾对北京提出了数百次外交抗议，认为北京在有争议的水域进行侵略行为。这个棘手问题在新政府上台前再次爆发。
斐迪南·马科斯赢得菲律宾总统大选，可能将重塑这个东南亚国家与中国和美国的关系。外界估计小马科斯意欲加强同北京的联系。
将在6月30日上任的新总统小马科斯（Bongbong Marcos），外交上被认为较为友中，不过小马科斯曾表示，在寻求与中国加强经济关系的同时，不会对北京的非法海上挑衅行为屈服。
2016年国际仲裁庭就南海领土争议做出有利于菲律宾的裁定。小马科斯在竞选期间接受采訪时表示，由于中国不承认该裁决，因此它“不够有效”。他将寻求同中国达成双边协议来解决纠纷。
小马科斯当时说，中国驻菲律宾使馆的外交官是他的“朋友”，“我们已经在商谈这件事”。
南海仲裁案的菲律宾法律团队领导人、最高法院前法官卡皮欧（Antonio Carpio）当时称，小马科斯的立场是种“背叛”。