日本政府在3月5日拍板定案，宣布原先预计在7日结束的"紧急事态宣言"，将延长14天，到3月21日为止。首相菅义伟在日前的国会预算审查时也发言表示，延长紧急事态宣言有其必要性，也获得医疗专家认同，包括担当国家新型冠状病毒政策分科会的会长尾身茂，也在接受答询时表示是"正确选择"。
然而，这样的决定也让许多中小企业与饮食业、观光业者感到灰心，许多店家也表示，如果紧急事态宣言持续下去，许多店面都会出现生存危机。
日本自从1月8日实施"紧急事态宣言"以来，除了便利超商与超市外，各种店家营业时间原则只能到晚间八点为止、官方也宣导在家远距上班，希望人流能够抑制到平日的三成以下。
两个月过去后，日本单日的确诊人数也控制在千人以下，不过在其他县市陆续解禁后，唯独东京首都圈的"一都三县"（指东京都、千叶县、神奈川县与崎玉县）仍必须延长两周，官方也不排除未来持续延长的可能性。
而究竟到延长到何时，官方才会正式解禁？许多记者在场纷纷提出疑问，菅义伟日前也只保守地说，须看东京的状况后，再跟专家研究。东京都官方则认为，除非一周内单日平均低于140人、一周入院治疗人数不足千人，才有讨论解禁的空间。
蔓延一年破43万例
从2020年1月14日爆出第一个病例来，日本在经过一年多后，确诊病例已经超过43万人。相较于邻近的台湾，虽是同年1月21日爆出首例，但在经过政府严控下，至今确诊总数仍未破千例。韩国跟中国则是在初期出现严重大爆发，但是在经过半年后，或多或少都慢慢控制下来，但日本在2020年底仍出现第三波疫情爆发。
直到进入2021年2月后，日本的新冠确诊人数才又有下滑迹象。归咎其主要原因，首先还是在当初政府的反应上，错失了最佳良机。当时安倍晋三在2020年2月26日率先宣布"自我约束"两周后，原先官方就认为渡过危机，但病例却仍在3月起开始爆发，让官方不得不宣布进一步从4月6日起实施两个月的"紧急事态宣言"。
2021年1月初，东京新干线车站内的人潮
然而，在实施紧急事态宣言时，仍是有不少店家照旧营业，当时因为没有法源，政府也无从开罚。
事实上，日本跟德国一样，都是当年二次大战时期的主要侵略国，拥有强制动员战争的历史背景。因此在二战结束后，由西方国家辅导下所建立的新宪法下，赋予人民完全的移动迁徙自由。
而这样的背景，在碰到新型冠状病毒时，让日本第一时间无法做出封城决定，只能依照东日本大地震（三一一大地震）时制定的紧急事态宣言条例，宣导人民尽量不要出门。但这样的条例只能软性劝导、无法强制开罚，让疫情第一时间无法有效获得控制，进而持续蔓延。
中央地方无法统一
其次是，日本没有美国或台湾等类似疾病管制署（CDC）的组织。台湾跟香港等因为过去在2003年时有受到中国广东的SARS流行影响，造成医疗人员与人民重大伤亡等教训。台湾随后由陈水扁总统委任当时卫生署长陈建仁等赴美学习美国的疾病管制控制程序，设立疾病管制署。
在这次的疫情蔓延时，台湾也第一时间设置疫情指挥中心，并委由卫生学者与医学家进行发言与判断，完全相信其判断。但日本仍是由传统官僚指挥，首相听取专家学者意见后再做出决定，政治考量上仍优先于医疗考量。
2月17日日本一名医护人员成为该国接种新冠疫苗第一人
中央跟地方的步调不一致，也是疫情无法有效控制的原因之一，在这次的中央政府与东京、大坂的知事（当地首长）等特别明显。日本长年实施地方自治，因此赋予地方首长很高的决定权，在这次疫情中，东京与大坂等主要城市的决策都比中央还快，反让中央变成比较被动的角色。
东京跟大坂尤其是确诊人数暴增区域，因此两边在对策防范与资讯的更新速度等，当初反应都比中央还迅速。台湾数位大臣唐凤，在日本因为围绕口罩APP的讨论而成为讨论热点人物。时，当时东京就立刻委请她在新型冠状病毒资讯网站上提供意见，后来东京也成为资料最率先透明化的自治体。
边境检疫较晚强化
最后，日本跟其他亚洲国家相比，确诊数量居高不下的原因，还有在机场与港口边境检疫的慎重程度强化较晚，这点也被人所诟病。
当初在疫情蔓延时，日本仍对部分11个国家与地区开放商务签证旅游，入国时也只采取软性地自主健康管理。官方虽然宣导入国不能搭大众交通运输，但实际上不少旅客入国后仍是直接搭电车。
而台湾则是从2020年3月起，对每个来访的旅客实施两周居家检疫、并用电子围篱与公务系统定时管制，不过却也一度惹起争议，认为侵害人权。
不过随后，中国与韩国也都以此为基础强化边境管制与掌握入国旅客。而日本要到2021年1月后才一律实施旅客要核酸检验与强化居家隔离的防疫措施对策，相较起来已经太晚。
日本到最后一刻才强制边境检疫，主要原因也是想防范英国与南非的变种病毒。然而，在先前的半年多来，许多隐性的病毒带原者，或多或少已经慢慢进入日本，让病毒传播的情况更恶化，日本的在野党多次在国会就批评执政的自民党，在边境检疫政策上反应过慢。
东京奥运前景黯淡
顾虑奥运也是原因？
为何日本政府在边境检疫上太晚反应？许多专家学者纷纷认为另一个重要因素是，日本政府因为要举办东京奥运，当初意欲维持边境开放的形象，让疫情在2020年中最关键的蔓延时刻无法有效控制。
日本政府始终希望能以开放观光客来参加奥运作为最大前提，不过在3月初，国际奥会、日本奥会与东京奥运组织委员会经过磋商后，认为开放观光客来日本已经很困难，未来朝向无观众举办的可能性愈来愈大。
加上日本在2020年7月起，推出"Go To Travel"的旅游奖励活动，希望刺激经济内需。不过在东京、大坂等疫情较严重的地区人民开始往外县市旅游后，无形间也增加了人与人接触的机会，让传染的机率也高涨，直到第三波疫情严重后，这一活动日方才在2020年12月紧急喊停。
新冠疫情影响菅义伟内阁支持度
过于重视经济与医疗的平衡，让日本政府在防疫上相对束手束脚，绑手绑脚，最后也造成三波严重的感染潮，第三波的2020年底与2021年初时，东京更一度逼近单日2500人确诊、全日本也好几天单日破万人确诊。因此，日本在1月以来的紧急事态宣言实施后，态度就格外慎重，不敢让首都圈任意解禁。
而现在，日本新型冠状病毒政策分科会的会长尾身茂也预估，疫情到年底都很难稳定控制。不只让奥运的举办蒙上阴影外，连带影响菅义伟内阁的信任，进而反映在10月的众议院选举上。这次的紧急事态宣言延长，对现在的政权来说，也是挽回人民信任的保卫战。
东京奥运无外国观众？
越来越多的迹象显示，由于新冠疫情作祟，东京奥运会若举行，也只能只有国内观众。日本国内，目前仍无奥运热情可言。
日本《产经新闻》引述一位不愿透露姓名的政府官员报道说，"目前情况下，我们不能接受境外观众。" 报道称，鉴于全球范围新冠疫情持续肆虐，日本政府正准备在没有外国观众的情况下，举办计划于夏季举行的奥运会和残奥会。这一点尚未得到官方证实。
本周三（３月３日），东京奥运组委会在与国际奥委会主席巴赫（Thomas Bach）和残奥会负责人帕森斯（Andrew Parsons）举行在线会议后表示，将在3月底前明确是否也允许国际嘉宾参加，4月份决定，是否允许大众入场观看，如果允许，数字是多少。
日本国内新染疫人数减少
"考虑到目前的形势，日本和其它国家确实都处于非常困难的境地。"新任主委桥本清子（Seiko Hashimoto）对媒体承认。在日本神户大学的病毒学家岩田健太郎（Kentaro Iwata）看来，不设观众的比赛将是 "最合理的决定"。这位教授在接受采访时对共同社表示，别的方案 "从医学的角度来看是不对的"。他指出，"由于奥运会是全球性的活动，所以不仅要考虑日本的情况，而且，更重要的是要考虑全球范围的感染情况。"
日本的COVID-19新冠染疫数量在1月份达到顶峰后，出现下降趋势。在东京都内，政府实施的新冠紧急状态有效期可能要延续至本周日：只有在紧急情况下，人们才被允许在当地时间晚上8点后离开住家；餐馆、剧院和商店晚间关闭。
多数人反对东京奥运
日本国内多数民众依旧对奥运会持狐疑态度。在二月份的一项调查中，56%的受访者反对按计划于7月23日至8月8日在东京举行奥运会。在一月份的一项调查中，有约80%的受访者要求再次推迟以致完全取消奥运会。
有东京住民表示，目前还感觉不到奥运热情。市内所挂的还是2020年的老奥运海报和旗帜。赞助商表示，鉴于前景尚不明朗，愿在投资新的广告材料之前继续等待。但即使真的将外国观众排除在奥运会和残奥会之外，这一情况也不可能会有多大改变。