2016年退役的菲尔普斯是获得奥运奖牌最多的选手，他表示对明年在东京举办一届干净的奥运会不抱太大希望，对于这届奥运会的“干净程度”，这位奥运多金王告诉CNN：“10名运动员里，有4人到5人是干净的。”
“我可以负责任地讲，在我的整个职业生涯中，我不知道是否曾经在干净的场地上比赛过。而我不认为有什么改变，我认为现在依旧存在很多问题，这真令人感到沮丧。”根据美国媒体报道，伦敦奥运会有130多名运动员因药检不过关被禁赛或取消成绩，其中68人是通过复检被抓，而里约奥运会有1.1万名选手参赛，100名运动员中就有一人因服用兴奋剂被禁赛或归还奖牌。
菲尔普斯表示可以保证，没有哪个运动员像自己一样接受如此多的检测，里约奥运会前6个月接受13次药检，而在菲尔普斯看来，应该对每个运动员都执行同样的高标准。“如果我们接受这样的检测那很好，但我知道不是这样，如果不是所有人都保持在同一水平线上，那么一切都不会改变。”
“我们已经有多少届奥运会存在兴奋剂问题了？这令人失望，我们无法控制，官员们也无法控制，这真是很可悲。”对于菲尔普斯不满在兴奋剂问题上缺乏解决方案，甚至怀疑是否参加过没有问题的赛事，菲鱼恩师鲍曼也认同弟子观点，“这个系统有问题，必须加以修复。”
除了指出兴奋剂检测方面有漏洞，菲尔普斯还对美国奥委会决定不处罚在奥运会期间抗议选手表达了观点，“我们都有机会站出来，大声宣扬我们的价值感，我不会惊讶运动员在领奖台上的抗议方式，但我还是希望他们做到尊重。站在领奖台是最棒的事情，脖子挂着奖牌，听着国歌奏响，这是我经历最伟大的事情。我只想说尊重，因为你知道，对于我而言，我为自己是美国人感到自豪，代表我的国家是莫大荣耀。”
对于明年东京奥运会的举办，菲尔普斯说道：“有一万多名运动员，加上志愿者，还有所有教练，在后勤保障方面，我不知道东道主能否做到。希望到时候有疫苗，总之，我不知道，因为有太多未知。”