新PCR检验能够识别阳性患者样本中的所有COVID-19变体

他们的研究发表在《The Journal of Molecular Diagnostics》上。他们的方法是公开的，因此任何能够进行PCR测试的机构都可以复制。

这项研究的首席研究员Sanjay Tyagi博士表示：“非同寻常的是，SARS-CoV-2不是一种具有可预测的临床特征的单一感染，而是一种不断演变的疾病，不同的毒株产生独特的临床特征进而影响检测、症状，甚至影响到哪些器官系统会遭到攻击。”

识别特定的菌株可以揭示重要的信息如潜伏期的长度、传染期的长度、传播性、致病性，乃至是主要症状的变化。

关于菌株类型的信息一般由国际社会或少数有大量人口的国家进行基因测序来报告。虽然识别SARS-CoV-2毒株所需的深度测序是准确的，它可以识别样本中存在的每个突变，但它成本高、速度慢且需要专门的设备。然而，对毒株类型的了解为公共卫生专业人员、政策制定者和个人提供了重要的信息。

这项研究的合作者、来自美国弗吉尼亚州斯特林市ResourcePath LLC的Ashley Hill博士表示：“知道当地社区正在出现一种高度传染性和危险的菌株可以让政策制定者了解情况，启动安全措施限制传播。它还可以作为医疗系统的早期预警系统，而这些系统需要为急诊室就诊和ICU护理的激增做出计划。知道哪种菌株感染了一个人还可以帮助确定哪种治疗方法最有益。”

通过使用罗格斯大学设计的并已在世界各地用于多种用途的实时PCR探针，罗格斯大学设计了Rutgers-RP RT-PCR测定以检测SARS-CoV-2的突变。这些突变已被证明可增加免疫逃逸、避免中和并增加传播性。他们率先使用分子信标来识别特定的基因突变。分子信标是发夹状的分子，其可以被设计成有选择性地跟特定的突变体序列结合并避开通常只有一个核苷酸差异的野生型序列。

研究人员选择了九个突变体进行测试，每个突变体的信标都有不同颜色的染料。每个关注的原始变体--阿尔法、贝塔、伽马、德尔塔和奥密克戎--都有这些突变的独特组合。当信标跟它的目标分子结合时，其独特的颜色可以被测定法检测到。

每个信标都被单独测试以确认其对指定突变的特异性。然后这些信标被组合成一个多重检测并通过RT-PCR对26个SARS-CoV2阳性患者样本进行检测，这些样本之前已经通过深度测序进行了检测和鉴定。两个样本被确定为阿尔法变体，两个为埃普西隆变体，八个为德尔塔变体。多重测定跟深层测序的结果完全一致，其灵敏度和特异性为100%。

研究人员报告称，该检验的适应性也非常强。当奥密克戎出现时，研究人员能在不到一个月的时间里设计出一个信标以确定一个奥密克戎特有的、对免疫规避非常重要的突变。研究人员在先前测试过的另外33个病人样本中的17个中确定了奥密克戎变体，结果是100%一致。

“我们开发的追踪和识别新变体的工具对这次大流行和今后可能出现的任何不可预见的病毒或病原体都非常有用，”研究论文的第一作者Ryan J. Dikdan说道。

研究人员指出：“SARS-CoV-2病毒还没有跟我们切断联系。我们迫切需要一个世界性的监测系统以应对不可避免的、可能更具传染性或致命性的新出现的毒株。Rutgers-RP RT-PCR变体测定现在就可以在全世界的实验室广泛部署以监测所有已知的关注变体。该检测方法将使用新的引物/探针组来更新每个新出现的重要变体。”