菲律宾方面宣称，出现在仁爱礁附近的3艘中国科考船中，其中一艘是“沈括”号科考船。按照菲律宾的说法，这艘船从深圳启航以后，一直在菲律宾的监视之中。“沈括”号科考船从4月19日出港后，穿越巴士海峡进入菲律宾海，随后一路南下，靠近菲律宾的吕宋岛东部的卡坦瑞内斯岛的东部海域。
为了证明菲律宾确实在“监视”这艘科考船，菲律宾宣称曾多次对“沈括”号进行无线电呼叫，但都未接到回应。菲律宾以此宣称中国科考船“傲慢”。但实际上通过“船讯网”平台可以查到“沈括”号的全部航行路线，这也就是说“沈括”号这几天一直开着船只定位通信系统，而且全程在公海航行，菲律宾方面不但没有仔细核实，还暴露了其公然骚扰在公海航行的中国科考船的行径。
（菲律宾海军号称一直在监视中国船只，远方为中国海军电子侦察船）
如今，“沈括”号靠近仁爱礁附近海域，又让菲律宾感到了不安，称该科考船载有“不明设备”，还在菲律宾周边海域释放设备。菲律宾海军宣称，他们和菲律宾海岸警卫队密切协调，计划派出一艘军舰对“沈括”号进行“回应”。但由于“不利海况”最终不得不返回港口，并试图让海岸警卫队派遣另一艘船来“检查”中国科考船。在此期间，菲律宾空军只派遣了一架飞机，远远的拍摄了一张“沈括”号的照片。
（菲律宾拍摄的“沈括”号）
值得注意的是，“沈括”号海洋科考船，只是一艘2000多吨的普通科考船，到底是什么样的海况能够让“沈括”号纹丝不动，却让菲律宾海军的军舰“闻之色变”，不得不逃回港口呢？实际上，如果菲律宾真敢派遣军舰骚扰我科考船，尤其是还是在仁爱礁附近，这意味着菲律宾和中国在南海的争端解决进入倒计时。
（仁爱礁上的破船）
从“沈括”号的航行路线可以看出，这次的海洋科考任务，是围绕着巴士海峡、吕宋岛、菲律宾东西部海岸等海域进行的。“沈括”号科考船被称为“深渊极客”，因为这艘科考船主要考察的是海底环境等内容。这艘科考船不但搭载了载人深潜器，还有各种深潜探测器，对海底地形、海床走向等海底信息，可以做到精细化探测，而这些深海地形绘制、海床、大陆架位置的科研，毫无疑问将对我国潜艇水下航路、岛屿吹填等提供最基础的科考信息，作用非常大。
（“沈括”号上搭载的载人潜水器）
至于菲律宾为何对中国的民用科考船如此高度关注，原因无非是做贼心虚。在小马科斯上台后，菲律宾已经多次对黄岩岛、仁爱礁蠢蠢欲动，但每次试图强闯这些岛礁的行动都被中国海警成功拦截。这也让仁爱礁上一堆废铁的坐滩菲律宾军舰岌岌可危，菲律宾自然清楚自己的挑衅行为必然会遭到中国的反制，比如中国直接拖走仁爱礁上那艘破烂。
（资料图：中国大型拖船。用它拖坐滩军舰有点杀鸡用牛刀了）
因此，所有出现在仁爱礁附近的中国船只，菲律宾都高度戒备，担心或有大事发生。但不得不说，中国要真下狠手处理仁爱礁上那堆钢铁垃圾，完全不需要动用科考船，中国只需要切断菲律宾向仁爱礁上投送生活必需品的通道，只需要几天，仁爱礁上的那些菲律宾人自然会求中国放他们离开。中国保持如此的克制，已经对菲律宾仁至义尽了。