事后，官方公布了塔台管制与海保机长的对话内容。与事故当天被网民发到网上的音频一致：塔台指示海保机在C-5诱导跑道待机，但海保机疑似听错，直接进入滑行跑道。
这就相当于，让你“各就各位”准备着，你却上了赛道。而且，下一个要起跑的也不是你，是达美航空。你就这么加塞到了达美的前面。
另一头不知情的日航客机，遵从塔台指挥，降落C-5跑道。机头撞到海保机。
海保机机长重伤，机组其他5人死亡。5人尸体状态显示，瞬间被压成肉泥。
很显然，海上保安厅的飞机犯了严重错误。
▲被烧毁的海保机海保的这架DHC-8-300被烧毁。日航的那架A350也被烧毁，损害金额保守估计150亿日元。此外，还有接踵而至的乘客损失、社会影响等等。
▲撞机后的日航机舱内失火
▲18分钟内，空服人员疏散367名乘客
▲全员安全逃生
▲被烧毁的日航客机海保想把责任推给日航或机场。日航和机场都想把责任推给海保。谁负责任？谁都负不起这么大的责任。
国土交通省派运输安全委员会来调查本次事故。
运输安全委员会是国土交通省下属机构。海上保安厅虽然也是挂在国土交通省名下的下属机构，但实质上趋于独立，毕竟它的前身是旧日本海军。
所以，咱们可以把这场调查视为“海上保安厅vs运输安全委员会”的扯皮大战。
1月2日当晚，日本航空召开记者会，肯定自家A350的机长在接收到塔台指令后，依照指令着陆。
第一时间摆明“责任不在我方”。因为当天网上谣传日航客机故障导致。
注：航司、机场的安全问题归运输安全委员会管。
海保机的唯一幸存者，机长宫本元气。重伤昏迷后醒过来，他坚称：没有搞错，当时已得到塔台的起飞许可。
海上保安厅虽没有公开支持机长意见，但通过它的媒体传声筒，肯定了机长不仅飞行经验丰富，并且熟悉羽田机场。否定了网上对机长是否不熟悉羽田机场情况的猜测。
国土交通省大臣出面表示：海保机长认为“已得到塔台的起飞许可”，塔台“没有予以起飞许可”，这一点上出现认知分歧。
排得上号的航空话题评论大V，几乎都是日航退休机长。
新闻节目里，日航前机长用肯定的口吻表示：可能是海保机长搞错了，以为他排在第一个起飞。
塔台对话说明，那个时间点，等日航客机降落后，达美客机被安排第一个起飞。
海保方面认为：塔台管制员就不存在失误？机长一个人搞错，副机长也跟着搞错，这不合理。
就算海保机误入C-5滑行跑道，塔台系统会提醒“有问题”。管制员是否由于疏忽纰漏，没察觉“有问题”。如果及时发现，应该可以避免惨剧发生。
运输安全委员会接招，开始对管制员进行调查问话。
最扯皮的回合来了！被“塔台管制员失误”将了一军后，运输安全委员会不甘示弱，质疑海保机长过度疲劳，导致判断失误，引发重大事故。
机长宫本元气在事故前一天，也就是1月1日，驾驶海上保安厅的另一架飞机，在冲之鸟礁附近飞行7小时，监视中国公务船。
1日上午10点左右，宫本元气架机前往1700公里外的冲之鸟礁。据说当时有中国公务船只在该海域活动。下午5点左右，因能登半岛大地震，驾机返回，准备第二天运送救援物资。
▲日本称作“冲之鸟岛”具体是中国哪艘公务船？海警还是科考，没有详说。要不是因为海上保安厅与运输安全委员会的扯皮大战，日本人都不知道中国公务船又去那儿自由航行。
▲2020年7月，大洋号在日本所谓的“排他经济水域”持续考察10天。冲之鸟礁，涨潮后，5块石头仅剩2块石头，露出海面16cm。日方用混凝土人工围礁造岛，随之称自己拥有排他经济水域。
但中韩等国认为冲之鸟没有连接大陆架，是礁不是岛。人工岛没资格拥有经济水域。
▲想称“岛”，起码要大自然的鬼斧神工所以，中国科考船只在这附近考察，往海里放东西啥的，完全符合国际法规。
▲中国科考船在冲之鸟礁海域作业运输安全委员会拼命在海上保安厅身上找漏洞，怎么扯皮都只是日本国内问题，但你把问题扯到中国，那事情就会变得复杂无比。
▲烧得只剩残骸的海保机
1月6日，海上保安厅公开地明确地否认：机长前一天的勤务状况不存在过重过劳，机长身心也没有健康问题。
同一天，运输安全委员会态度坚定：将对机长当时的健康状况进行调查。