东京大学的相田卓三卓越教授充满危机感地说：“日本已开始被尖端科学研究的国际网所忽视。在美国科学杂志《科学》的论文评审委员中，来自日本研究机构的只有相田卓三卓越教授一人，比2010年代的5～6人持续减少，低于中国和韩国。
在化学及材料等日本擅长的领域，日本的影响力也越来越小。据日本科学技术振兴机构（JST）介绍，在材料科学领域著名的国际会议“MRS”上，1996年特邀演讲者中日本研究人员占1成，而2019年减少到近4%。
英国调查公司科睿唯安(Clarivate)的数据表明，在物理及化学等21个领域，过去10年曾多次执笔被其他研究人员引用次数排在前1%的论文的研究人员（高被引学者、HCR），日本在2022年为54人，比2014年减半。在主要国家中大幅减少的只有日本，与中国增至4倍、澳大利亚增至3倍、韩国增至2倍形成对比。
在论文数量方面，日本的地位也在下降。被引用次数排在前10％的高关注度论文数量，日本在1980年代前半期～1990年代初仅次于美国和英国，排在世界第三。1990年代被德国超越，2006年被中国超越，2019年下降到第12名。高关注度论文数量约为3800个，比峰值减少了近2成。
一般而言，从取得研究成果到获得诺贝尔奖需要20～25年。日本进入21世纪，有19人获奖，仅次于美国，但大部分在1980～1990年代的业绩受到好评。2010年代以后，日本的研究成果低迷，2030年代以后获奖可能会大幅减少。
日本为什么难出优秀研究成果了呢？日本铃鹿医疗科学大学校长丰田长康分析指出，在政府支出的大学研究资金增加的国家，“高被引学者”（HCR）也趋于增加。日本2004年国立大学法人化，日本政府拨给大学的运营经费每年减少1％，并且增加大学的裁量，促进竞争，但研究能力下降。
年轻研究人员的待遇和研究环境也恶化。在日本的大学正规教师中，25～39岁的占比在2019年度为22％，比1990年代的3成多减少。由于稳定岗位少，出于对未来的担忧，研究人员对升入博士课程敬而远之。日本有望成为研究人员的博士学位取得者2019年度为1万5100人，被人口不到日本一半的韩国（1万5300人）超越。各国都在培育博士学位取得者，美国和中国也用大约20年提高到了原来2倍以上。
加利福尼亚大学尔湾分校的副教授五十岚启指出：“与美国等国家相比，日本年轻研究人员能独立研究的岗位和预算明显少”。
博士人才的充分利用也是课题。在美国等国家，企业和政府将博士人才视作拥有高度专业性的人才，招聘待遇比大学毕业生等优厚，取得博士号学位是提高能力的重要手段。而日本的博士人才待遇低，与大学毕业生相比，非正规就业的人占比很高。
日本政府为了挽回局面，创设了10万亿日元的“大学基金”。使用每年3000亿日元的运营收益，支援选抜出的几个学校，还强化年轻人支持和国际合作。负责运营基金的日本科学技术振兴机构（JST）的理事长桥本和仁表示“这是重振日本研究能力的最后机会”。尖端研究将左右国力，需要尽快提高尖端研究水平。