据台湾中时新闻网26日报道，台南检警侦办台南市学甲区88枪枪击案，25日将主要嫌疑人洪政军及枪手孔祥志从大陆押解归案，检警侦办嫌疑人作案动机，洪政军称就是起因于外界流传的光电工程利益冲突，因不满前民进党“中执委”郭再钦“整碗捧去”（指独享所有利益），未按当地名人陈世铭生前协调的工程分配，愤而开枪。前台南市议员谢财旺因与郭再钦“走很近”，也被列为开枪警告对象。
洪政军及孔祥志在大陆落网，2月25日下午被押解回台。图自台湾“中央社”
报道称，台南检警侦办台南学甲88枪枪击案，警方26日下午将洪政军及孔祥志移送台南地检署侦讯，刑事警察大队大队长林宏升说，两人犯行明显触犯枪炮弹药刀械管制条例、恐吓、违反“两岸人民关系条例”等犯罪嫌疑送办，由于两人犯行明确，且怀疑还有共犯在逃，会建议检方予以羁押禁见。
对于外界关注的两人作案动机，林宏升称，两人供词反复，且不排除为误导检警侦办步骤，因此口风紧不愿多谈，不过，洪政军已向检警供称就是外界传得沸沸扬扬的光电工程利益；因不满郭再钦“整碗捧去”，不履行已故学甲名人陈世铭生前协调的工程分配，事后有耳闻郭再钦还动用警政关系要追缉他，才不满并策划这起枪击案进行报复。
报道称，外传枪击案也与台南市正副议长选举有关，检警表示，迄今未有具体事证，持续追查中。检警也掌握到，洪政军及孔祥志是在去年11月间从台南安平港搭渔船前往大陆，后有情报显示两人滞留在福建泉州一带，在大陆他们同住一起，1月18日同时被大陆公安机关逮捕。至于相关接应者是谁，是否还有藏镜人，检警将持续追查。
据台媒此前报道，台南市学甲区去年11月10日凌晨接连发生2起枪击案，孔祥志当天凌晨1时8分涉嫌持枪在学甲区顶山寮一家科技公司射击58发子弹，再到学甲区位于中正路的前市议员谢财旺竞选总部朝铁门扫射30枪。洪政军及孔祥志在案发后陆续潜逃出岛，相关5名涉案共犯此前已被逮捕收押。
对于台南学甲“88枪枪案”犯罪嫌疑人洪政军、孔祥志已被遣返回台，国台办发言人朱凤莲25日表示，2023年1月，台湾居民洪政军、孔祥志因非法进入大陆被公安机关抓获。为打击犯罪，保障两岸人民生命财产安全，维护两岸交流秩序，公安机关对洪政军，孔祥志依法作出稳妥处理。