对此，《纽约时报》以强硬的态度回应了这些批评。该报称，这些指控是“明显错误的”，他们拒绝接受报道有偏见的说法，并为写出这些报道的记者“自豪”。同时，该报强调，他们曾发表多篇倡导跨性别权利的文章，“长期以来一直支持跨性别权利”。此外，该报还措辞严厉地批评了参与此事的工作人员，称该报“不欢迎、也不会容忍”他们参与这一活动，或公开攻击同事。
英国《卫报》报道截图
这两封公开批评《纽约时报》的信均发布于当地时间2月15日，其中，撰稿人（其中有部分人是跨性别和非二元性别者）的信在开头就写道，他们之所以写信是为了“严重关切该报在报道跨性别者、非二元性和非常规性别者时存在的编辑偏见”。
在信中，撰稿人们称，《纽约时报》对跨性别者，尤其是跨性别青少年的报道，违反了该报的编辑准则。信中承认该报的许多记者都公正地报道了跨性别问题，“但他们的工作已经黯然失色”，因为在过去8个月内，《纽约时报》发表了超过1.5万字的头版报道，“讨论跨性别儿童医疗护理的正当性”。
这封信举出了一些具体的例子，声称这些报道偏袒反跨性别观点。其中，由艾米丽·贝泽隆（Emily Bazelon）去年6月撰写的《性别治疗之战》（The Battle Over Gender Therapy）被特别拿出来批评。
信中称，这篇报道使用“零号病人”一词来指代一名儿童，此人是荷兰第一批接受性别确认护理的跨性别孩子，撰稿人批评称，这一词语“将跨性别丑化为一种令人恐惧的疾病” 。信中还称，这篇报道引用了一个人的评论，但作者却没有指出，此人是反对跨性别青少年进行性别肯定医疗的组织主席。
另外，这些撰稿人还在信中批评称，《纽约时报》这些对跨性别问题“糟糕的”报道，成为了一些反跨性别的共和党州官员和议员的“弹药”。一些人已经援引《纽约时报》最近的报道，来支持反跨性别立法。如在去年，阿肯色州时任总检察长莱斯利·拉特利奇（Leslie Rutledge）就引用了3篇《纽约时报》文章，包括贝泽隆的《性别治疗之战》，为亚拉巴马州的一项法律辩护，该法律将医疗专业人员为19岁以下的患者提供性别确认护理定为重罪，可判处最高10年监禁。
就此，这封撰稿人的信宣称，“我们很失望地看到，《纽约时报》追随极右翼仇恨组织的步伐，将性别多样性作为一项新的争议，要求制定新的惩罚性立法。”
这封信还对《纽约时报》提出一系列“改革”要求：它要求《纽约时报》停止刊登“有偏见的反跨性别报道”、在未来2个月内与跨性别领袖和跨性别青年举行会议，并在3个月内雇佣至少4名跨性别人士。
同一日，GLAAD甚至还在《纽约时报》纽约办公室外停了一辆卡车，车上的广告牌刊登了一些文字，声称该报质疑跨性别者存在的权利。
面对这两封公开批评自己的信，《纽约时报》的回应态度颇为强硬。一方面，对于这篇被针对的《性别治疗之战》，作者贝泽隆和时报主编杰克·西尔弗斯坦（Jake Silverstein）均进行了辩护。
贝泽隆表示，作为一名记者，她追随事实而不是某种倡导。她还指出，她把荷兰跨性别者称为“零号病人”，是因为荷兰人用这个词称呼他，此人在接受时报采访时也用了“零号病人”称呼自己。西尔弗斯坦则指出，贝泽隆的报道本身就有挑战性，因为跨性别的主题已经“高度政治化”，在此情况下，贝泽隆“有条不紊、有原则、深入”的报道方法并无问题。
另一方面，《纽约时报》多次驳斥这两封的内容。在一份提供给多家媒体机构的声明中，时报对外沟通主管查理·施塔特兰德（Charlie Stadtlander）证实，该报已经收到了来自GLAAD和《纽约时报》撰稿人的信件。
施塔特兰德直言，GLAAD的宣传使命和时报的新闻使命是不同的，作为一个新闻机构，时报追求对跨性别问题的独立报道，包括跨性别群体面临的偏见，以及社会对该群体进行医疗护理的分歧。他继续称，尽管时报的报道受到批评，但该报认为这些报道“深刻而富有同情”，并探索和反映了社会上不同的思想，该报为此“感到自豪”。
除了对外发布声明，《纽约时报》16日还在一份内部备忘录中为该报对跨性别者的报道辩护，并严厉批评该报记者和撰稿人参与这次活动。
时报执行主编乔·卡恩（Joe Kahn）表示，该报对跨性别议题的报道，包括被人挑出来攻击的文章，都很重要，且都有深入的、具备敏感性的报道，但这些作者却不得不因此“忍受了数月的攻击、骚扰和威胁”。卡恩还指出，这些信忽视了时报对跨性别问题报道的全面性，该报不乏社会对该群体的偏见和暴力的报道。卡恩还列出了时报对跨性别问题的完整报道清单，并表示无论如何审查这份清单，都能表明GLAAD等的指控是“明显错误的”。
另外，卡恩还在信中指出，外部团体批评该报、试图影响该报工作的事件并不罕见。然而在这次事件中，却有《纽约时报》的工作人员和撰稿人加入了行动，他们在抗议信中直接攻击了几位同事，并指名道姓。
这一行为违背了该报的政策，一是该报禁止记者与倡导团体结盟，也禁止他们参加有关公共政策的抗议活动，二是该报禁止记者公开攻击彼此的新闻，或支持此类攻击。就此，卡恩直言，“我们不欢迎、也不会容忍时报记者参与倡导组织开展的抗议活动，或在社交媒体和其他公共论坛上攻击同事。”
值得一提的是，在发表这份备忘录的当天，《纽约时报》还发表了一篇题为“为J.K.罗琳辩护”的评论文章，这位《哈利波特》系列小说的作家经常直言不讳地谈论跨性别群体权利问题，并陷入争议。如早在2019年，罗琳就因声援反对英国“跨性别政策”的玛雅·福斯特（Maya Forstater），被“开除”《哈利波特》的作者籍。罗琳一些为女性权益发声的言论，如“坚决反对自认女性的跨性别者可以进入女厕”等，则被认为是对跨性别群体的歧视，并被人贴上“TERF”（排斥跨性别的激进女权主义者）标签。
此外，在17日接受《卫报》采访时，《纽约时报》发言人丹妮尔·罗迪斯·哈（Danielle Rhoades Ha）再次强调，该报已发表多篇倡导跨性别权利的观点文章，该报的编委“长期以来一直支持跨性别权利”，该报“拒绝接受任何关于我们的报道有偏见的说法”。