报道称，排放航母日常运营产生的污水是美国海军需要谨慎处理的事务之一，它们不能长时间存放在船上，必须经过处理后排入大海。“航母上产生的大部分污水来自厕所的小便池”，它们进入综合处理系统后，将经过一系列复杂的过滤和清洁过程，最后才被排入海中，而且排放位置距离最近的海岸至少需要在4海里以上。
但问题在于，这只是理想状态。
根据2020年美国政府问责局监管机构的报告，最新建造的“福特”号超级航母由于污水处理系统的设计缺陷，无法容纳4000 多名船员每天产生的污水——问题还是出在“高科技”上。因为该航母采用了全新的厕所和污水处理系统，它们的作用原理和民航客机厕所的真空冲洗系统类似，可以更节省能源和水量，但“福特”号上拥有432个厕所，这远远超过了之前的设计。结果就是该航母上的马桶和污水管道经常堵塞，需要进行昂贵的修复，包括用疏通堵塞的酸性液体定期冲洗整个污水系统——至于每次冲洗的费用，则超过40万美元。
“福特”号并非唯一的受害者。2009年服役的“布什”号航母采用了相同的污水处理系统，并且遇到了类似的问题。2011年，美国《海军时报》就披露了“布什”号航母的厕所问题——其实它才是第一艘配备这种新式厕所的航母。在2009年首次部署期间，“布什”号平均每周要呼叫25次“维修马桶”。据报道，这一问题非常普遍，以至于水手们只能在瓶子里小便，然后直接倒进大海。美国海军的调查称，除了马桶和污水系统自身缺陷外，水手们经常把其他杂物扔进马桶也是造成堵塞的主要原因之一。
最终结果就是，这两艘航母都不得不为马桶堵塞花费巨额经费。美国《商业内幕》网站称，由于美国海军没有给出彻底解决这个问题需要的时间表，也没有透露酸液清洗的频率，因此很难预测在每艘航母50年的服役周期内需要花费多少资金，但报道承认，从各方信息判断，代价昂贵的马桶问题直到2022年也仍没有彻底解决。