这么多年来，麦卡恩的行踪一直没有定论，此案也成为现代历史上最知名的人口失踪案之一。
据报道，事发时，玛德琳和她的妈妈凯特（Kate）、她的爸爸格里·麦卡恩（Gerry McCann）及其他家庭成员一起在葡萄牙度假。
晚上八点半，玛德琳一个人在公寓一楼睡觉，她的父母和她的弟弟在50米外的餐厅就餐。
晚上10点，凯特不放心，跑去女儿玛德琳的卧室里看看孩子是否已经睡着，却愕然发现，玛德琳不见了！
葡萄牙警方最初认定这是一起诱拐绑架案，但警察认为的“绑匪”却一直没有出现。
葡萄牙警方在案发后的“黄金时间”内犯了很多错误：边防机构和水上警察有好几个小时没有接到玛德琳的情况通报，警方也没有每户上门搜查。
凯特表示警方到第二天早上10点才设置路障。警方没有检查案发当晚离开卢兹的车辆监控画面，也没有要求西班牙边境地带提供车辆画面。
国际刑警组织过了5天时间，才发布全球失踪人口警告。另外，葡萄牙警方并没有采访度假村的所有度假游客，一些游客表示警方从来没有联系过他们。
犯罪现场也没有得到很好的保护。葡萄牙警方采集了玛德琳睡房的样本，把样本送到三个法医实验室进行验证。
凯特说，凌晨3点有位警官在儿童房的门口贴上胶带，然后就离开了，没有保护好现场。
根据司警2008年发布的文件，案发一个月后，该度假区一直处于闲置状态，之后于2007年8月被封锁，方便进行后续的调查搜证。
但是，案发之后，有不少人曾到过公寓的门口，包括儿童睡房窗户的旁边（这里极有可能是绑匪进入或离开的地方）。
更可气的是，一位警察在没有戴手套或穿防护衣的情况下在窗户外面的百叶窗扫过指纹。
葡萄牙警方的调查几乎没有任何进展，而这段时间，凯特夫妇居然被怀疑谋杀了女儿，直到次年7月才得以澄清，葡萄牙司法部长宣布结案。
2011年5月，英国警方决定介入调查，麦卡恩夫妇也在雇用私人侦探进行调查。直到2013年10月，葡萄牙警方才开始重新调查此案。
英国警方的调查取得了一些进展，他们发布了嫌犯的电子合成照片，其中一张显示了一名男子携带玛德琳在事发当晚走向沙滩。
这起案件引发了广泛的国际关注，包括J.K.罗琳在内的社会各界人士都给此案提供了悬赏金。
直到2020年，德国检察官假定玛德琳·麦卡恩死亡，并且表示一名43岁的德国籍连环性侵犯“克里斯坦·B（Christian B）”有重大嫌疑。
目前，警方正在对克里斯坦·B进行盘查审问，但嫌疑人什么都不说。
警方正在等待对嫌疑人面包车内的DNA进行鉴定的结果。
一位英国的专家表示，他认为克里斯坦被指控只是时间问题。
据消息人士透露，克里斯坦曾向一位朋友供认是他偷走了玛德琳，另外，克里斯坦的手机定位显示，案发当天，他就在玛德琳所在的度假村。
凯特夫妇一直在找女儿，他们希望玛德琳还活着，希望有一天能够全家团圆。
据德国警方表示，克里斯坦是一个连环强奸犯，他曾因2005年在Praïa da Luz 强奸一名美国退休人员而服刑七年。
犯罪嫌疑人Christian B
他在案发地生活了几年，后来因偷汽油被入狱九个月。
克里斯坦还面临三项独立的性侵犯指控。2004年，他曾在葡萄牙强奸一名爱尔兰女子。
现在，警方正在焦急地等待DNA检测结果，案件可能很快就被侦破，但也有可能一无所获……