11月4日，南非首都比勒陀利亚的一家柳叶刀实验室首次发现了新冠病毒常规检测数据中的异常情况
世卫组织在声明称，首例已知的奥密克戎感染是来自11月9日在南非收集的一个标本。不过，据南非媒体29日报道，早在11月4日，南非首都比勒陀利亚的一家实验室便首次发现了新冠病毒常规检测数据中的异常情况。（此前报道：新冠最新变种11月初已出现，专家：各国旅行禁令恐“为时已晚”）
11月初报告：
S基因缺失，意味着“可能发生突变”
当地时间11月4日下午，初级科学家艾丽西亚·维穆伦(Alicia Vermeulen)在实验室当天处理的大约300个测试结果中发现了一个异常的阳性结果，而她当时并没有意识到此次观察将引发一系列关系到全球的事件。
B.1.1.529毒株共有32处刺突蛋白突变
这项“异常”的测试没有检测到一种特定的基因，即制造尖峰蛋白的S基因，虽然在样本中发现了可以将其判定为阳性的另外两个基因。但是，S基因的缺失标志着有些东西可能已经发生了变化，这用专业术语来说是“S基因靶标失效(S-Gene Target Failure , SGTF)”。实际上，S基因“消失”表明它可能发生了突变，只有在这种情况下，它才无法被检测到。
“这激起了我的好奇心。我们想知道是什么导致了S基因靶标失效，因为早期我们在阿尔法变种上看到了类似的情况。”拥有医学病毒学硕士学位的维穆伦后来在接受媒体采访时说。
在注意到这个异常之后，维穆伦便通知了该实验室的负责人和经理。第二天，她发现了一个类似的异常结果。在接下来的一周里，又发现了更多……维穆伦表示，这种带有S基因靶标失效的阳性结果数量出现迅速增加。
维穆伦回忆道，在新冠疫情的高峰期，实验室处理的样本一天最多可达3000份。在过去一个多月的疫情平稳期，她负责分析检测结果，“起初我们认为这可能又是阿尔法变种，但我们还是决定密切关注它，因为如果它是其他的变种，我们就可以立即发出警报。”维穆伦说。作为同样被列为“需要关注的变异株”，阿尔法变种于2020年11月首次在英国被发现。当时，阿尔法发生了类似的S基因靶标失效。
【一封电邮】
引起专家关注，确认新变种
“在接下来的一周里，我们发现了更多类似的阳性结果，存在同样的S基因缺失。到了星期四（11月11日），我们决定给格拉斯博士发电子邮件，询问她是否在其他地方看到同样的情况。”维穆伦提到的格拉斯博士是南非新冠病毒部长级咨询委员会的成员，同时也是这家实验室的临床病毒学家和分子病理学负责人。
德尔塔毒株与奥密克戎毒株刺突蛋白突变对比图
报道称，格拉斯博士每天会收到几百封电子邮件，但她立即注意到维穆伦和她的团队发来的电邮，并立即采取了行动。
不过，在11月11日至18日期间，南非全国范围内每日报告的新冠病毒感染病例不到500例，因此可用于研究的阳性样本非常少。格拉斯博士审查了约翰内斯堡实验室提供的结果，并安排从维穆伦所在的比勒陀利亚实验室运送阳性样本过来研究。同时，她提醒了NICD的首席病理学家安妮·冯·戈特伯格教授。随后，NICD也开始查看该国国家卫生实验室服务检测的数据，其中一些检测使用了与首次发现S基因缺失同一类型的PCR测试。
“我们在阿尔法变种中看到了S基因靶标失效，但随着德尔塔变种占主导以后，我们已经有好几个月没有看到类似的情况了。因此，当维穆伦说他们发现了许多类似结果时，我的第一反应是‘一个批次中只有一两个阳性算是很多吗’。”格拉斯博士表示，他们最开始没有重视这一情况。随后，在审查了维穆伦所在的比勒陀利亚实验室的数据后，她才意识到这一趋势呈现的是检测结果的阳性率正在上升。
德奥利维拉表示，截至11月21日，在阳性样本中检测到S基因靶标失效的数量大幅上升
格拉斯博士及其团队花了几天的时间来收集足够的样本，并将“相当大规模”的一批样本送到NICD。11月19日晚间，拉奎尔·维亚纳博士受格拉斯邀请对样本进行测序，并在接下来的几天内携手来自NICD的科学家们进行了更广泛的分析和测序工作。11月25日，南非科学家德奥里维拉首次正式确认了B1.1.529变体（后被命名为奥密克戎）的存在。
【政客抨击】
过早发布导致南非被孤立 专家：这一宣布及时且重要
据南非媒体报道，关于新变种存在的声明受到了该国某些政客的强烈反对。在全球对南非及其他南部非洲国家实施旅行禁令之后，这些政客对德奥里维拉在对该变体有更多了解之前就宣布这些发现提出了批评。但格拉斯博士强调，这种批评是错误的。尤其对医院来说，这一宣布及时且特别重要，因为这样可以让一线的医护人员保持对病毒的了解并做好准备。她说，“让全国人民知道有新的东西出现，这是我们将其影响降到最低并让每个人都做好准备的唯一途径。对这些信息坐视不理是不行的。”
对于奥密克戎变异株携带的大量突变，尤其是关键的刺突蛋白突变引起了人们对其可能逃避疫苗免疫的担忧，这些研究人员相信，现有的疫苗仍将很好地保护人们免受重症和死亡的影响，不过，围绕奥密克戎的关键问题可能还需等上“几周”才能知晓答案。
最猛新毒株首位发现者，揭秘南非疫情震中实况
“我们在南非临床所看到的病情非常温和。请记住，我身处南非疫情震中的Pretoria，这里是我行医的地方。”
南非医学协会主席Angelique Coetzee接受BBC采访时如是说。
Coetzee是首个发现奥密克戎新毒株的医生。据《英国电讯报》引述她说，许多被感染的年轻人到她诊所求医，多数为男性，年龄在40岁以下，其中半数未接种疫苗。
过去十天，Coetzee医生看了30多个确诊病人，但他们呈现的症状与人们所熟悉的冠病症状不太相同，很多病人是因为感觉很疲惫才前去求医。
她说，这在年轻病患中十分罕见。
病人症状还包括轻微的肌肉酸痛、咽喉发痒、干咳，少数人出现轻微发热症状。
其中有个是6岁的儿童，发热，心跳“极快”。
Coetzee医生说，相对于她之前几个月见到的其他变异病毒所引发的症状，这些症状十分温和，持续一两天。
令人关注的是，南非尚未发现奥密克戎感染者出现典型的丧失嗅觉味觉的症状，血氧水平也没有大幅下降。
现在欧洲已经很多人感染奥密克戎了
至今，南非奥密克戎病例由于都是轻症，皆未住院治疗，居家康复。
南非的医疗系统并未因为出现奥密克戎而出现挤兑现象。
Coetzee医生说，“我们并不是在说奥密克戎不会导致重症，但是，目前我们见到的是，即便未接种疫苗的病患，也都只是轻症而已。”
她补充说，“我相当相信，现在欧洲已经很多人感染奥密克戎了。”
疫苗防重症仍有效不会形成重症大爆发
南非疫苗部长级咨询委员会主席Barry Schoub表示，目前为止，南非出现的病例都是轻症或轻至中症，从这个情况看来，对奥密克戎，疫苗防重症仍为有效。
他说，从目前情况判断，奥密克戎不太可能在南非形成重症大爆发。
不过，在防轻症方面，Schoub说，尚有待观察。
或许因祸得福
Schoub表示，奥密克戎的大量突变似乎破坏了病毒的稳定性，这可能使它的适应力小于目前占主导地位的德尔塔株。
由于传播力更强，奥密克戎新毒株可能很快成为优势病毒。Schoub说，“希望奥密克戎不会取代德尔塔株成为主流病毒，因为目前的疫苗对付德尔塔株效力很好。”
但，有另一派专家认为，如果奥密克戎把德尔塔株挤了出去，说不定是因祸得福，因为德尔塔株更危险，而且更稳定。
世卫组织：二度感染风险较高并不确定奥密克戎症状不同
11月28日，世界卫生组织说，目前尚未确定奥密克戎是否比其他病毒株具有更强传播力或更高的毒性。
它指出，虽然南非住院病例人数增加，但这有可能是因为总病例人数上升，不一定是奥密克戎感染的结果。
但，在另一个文告中，世卫组织指出，目前有初步证据显示，奥密克戎导致二度感染的风险似乎比其他病毒株高。
与上述南非专家的说法不一，世卫组织说，“目前并不确定奥密克戎症状与其他病毒株感染症状不同。
它说，目前看来，年轻病患较可能出现轻症，我们仍需要几天甚至几周时间来了解奥密克戎的毒性。
福奇：需要多两周时间研究奥密克戎
华盛顿时间11月28日，白宫发布文告说，美国总统拜登度假之后，返回白宫听取了冠病应对小组和首席传染病专家福奇的当面汇报。
福奇在汇报中说，大约需要两周时间才能获得关于奥密克戎病毒株的传播性、毒性和其他特征的更明确信息。
福奇也说，他仍然相信现有疫苗对防重症仍可提供一定程度的保护力”。
福奇强调，已完成疫苗全程接种的民众，应接种加强剂，提高保护力。
冠病应对小组建议，所有成年人应该尽快接种加强剂，未接种疫苗的成年人和儿童应该抓紧进行。
下周一，对奥密克戎的研究和发现以及如何应对，小组将再向白宫进行汇报。