综合台媒报道，早在2016年台湾地区领导人选举时，就有人发现蔡英文在伦敦政治经济学院（LSE）的博士论文在英国高等法律研究院（IALS）的网站中显示为“不见了”（Missing）。因此，蔡英文一直被质疑博士论文造假，质疑人士中就包括深绿媒体人彭文正。2019年，彭文正曾向台北地方法院提起“确认（蔡英文）博士论文不存在”民事诉讼，他指出，伦敦大学总院图书馆、高等法律研究院图书馆员查询发现，均未收藏蔡英文的论文，电子检索系统也没有论文典藏纪录。
不过，去年1月份，地方法院驳回了他的请求，驳回此案法官的名叫张咏惠。之后，彭文正又向岛内高等法院上诉，高等法院认为地方法院此前的判决存在重大瑕疵，判决“原判决废弃”，将其重新发回台北地方法院。
在地方法院二审“彭文正提告蔡英文论文不存在”一案前半个月，今年3月31日，彭文正被台北地检署以涉嫌侵害名誉罪以及加重诽谤罪起诉，原来，蔡英文认为彭文正抹黑、造谣，反过来将他告了。
4月中旬，彭文正告蔡英文的案子二审，本次彭文正提起的是行政诉讼，结果没想到，又碰上了此前民事诉讼的法官张咏惠，彭文正请求其他法官来审理此案，他还认为，张咏惠协助法院发布新闻稿，侵害他的名誉权和诉讼权，向对方索赔200万新台币，并要求其在登报道歉。随后，台北高等行政法院驳回了他“换法官”的请求。
5月4日，台北地检署起诉彭文正的案子开庭，检方称，依照相关文件，蔡英文的确拿到了博士学位，彭文正告蔡英文是“为报一己私怨”“为了自己的节目有更高的订阅数及点阅率”，因此依加重诽谤罪起诉彭文正。
到了7月，此案再次开庭时，彭文正没有出庭，上月20日，又一次开庭，彭文正仍未现身。辩护律师张静称，彭文正担心自己的安全，因为台湾政府太烂，他“在美国做‘革命’事业，并非无故不到庭”，律师还将彭文正比作孙中山，当庭，张静称“欢迎检方发布通缉、到美国拘提彭文正到案。”当时，检方的确口头申请拘提、通缉彭文正。
本月初，彭文正曾在接受采访时表示，自己被蔡英文政府追杀，已申请入籍美国，已委托律师向美国申请政治庇护。
今天，最新消息指出，岛内检方已正式递状申请拘提、通缉彭文正，法官正在审酌中。
据台媒报道，检方认为，彭文正在美国以“诽谤、批评”蔡英文、台湾司法程序、体制等获利，一再在社交媒体上强调台湾“抛弃言论自由”，主观上已经想在美国藏匿、逃亡，因此，对其进行拘提及通缉。
申请书中还称，检察官不可能眼看被告一直找不合法、不正当的理由来拖延诉讼，也不能只口头主张拘提、通缉而不作为，如此将让受害者认为台湾司法无能，因此开庭先主张拘提、通缉彭文正，之后再补交其他材料。
昨天，彭文正在自己主持的政论节目《政经关不了》中称，他近日收到英国资讯委员会办公室（ICO）的通知，称将重启“（蔡英文）论文门”调查，他表示，对于始终致力追查蔡英文“论文门”真相的大家来说，真是天大的好消息。