神舟十三号作为空间站任务的第二艘载人飞船，将再次搭乘3名航天员进驻太空，继续完成空间站关键技术验证及建造任务。
为适应空间站组合体不同构型及来访航天器不同停靠状态，实现与空间站前向、后向、径向交会对接和分离，中国航天科技集团五院神舟团队设计了新的交会路径和绕飞模式，增加了绕飞、快速交会对接、径向交会对接各项功能。
中国航天科技集团五院总体设计部飞船型号系统总体副主任设计师高旭说：“载人飞船将采用自主快速交会对接的方式，首次径向停靠空间站，即通过天和核心舱下方对接口与空间站进行交会并对接。虽然只是方向变了90度，但是对接的难度却大了不少。”
据悉，在神舟十三号成功发射的同时，神舟十四号也已经完成发射前的全部工作，进入应急发射待命状态。
神舟十三号载人飞船与空间站天和核心舱完成径向交会对接之后，停靠时间长达6个月，计划执行180天组合体长期驻留任务，这将是我国迄今为止时间最长的一次载人飞行。
为适应空间站复杂构型和姿态带来的复杂外热流条件，满足超长“待机”要求，中国航天科技集团五院神舟团队对返回舱、推进发动机和贮箱等热控方案、船站并网供电方案进行了专项设计，使飞船具备了供电、热环境保障的适应性配套条件。
此外，中国航天科技集团有限公司五院抓总研制的神舟十四号已经完成发射前的全部工作，进入应急发射待命状态。这是为了保护航天员生命，五院开创的天地结合的应急救援任务模式，即每次有两艘飞船进场，由后一艘飞船作为突发情况的生命救援之舟，具备应急发射进行太空救援的能力。
神舟十四号飞船作为本次任务地面待命救援飞船，完成推进剂加注前准备，在厂房就位，随时可启动后续发射工作程序。一旦在轨发生需要救援的情况，在火箭配合下随时可启动救援程序，短时间内即可发射入轨，将航天员接回地面。