9月中旬，中国大陆无预警宣布暂停进口台湾释迦与莲雾两款水果，台湾政府在获悉消息时曾表示，在九月底前，若中国方面没有正式回应，将考虑寻求世界贸易组织（WTO）解决。
台湾农委会主委陈吉仲周五（10月1日）在台立法院向媒体证实，因为未收到中国海关正式回应，已经将申诉书送抵日内瓦的台湾驻WTO代表处，预计11月会向WTO的食品安全检验及动植物防疫检疫（SPS）委员会例会提出申诉。
中国大陆国台办之前一再强调，暂缓台湾水果进口纯粹是防范虫害，保护大陆农产品，与政治无关。
分析称，联合国和世贸这样的全球大型组织仲裁机制日渐式微。以WTO为例，近年来在处理会员国贸易争端，都因体制官僚化以及政治因素，造成相关申诉裹足不前。
因此，台湾向WTO申诉可能是仿效澳洲投诉中国，以申诉做为谈判筹码，向北京施加谈判压力。但是从中方的强硬外交战略以及两岸的紧张关系判断，中方是否会与台湾就水果禁令坐上谈判桌仍是个大问号。
台湾的申诉理由
台湾媒体报导称，此次申诉若如期递出，将是台湾首次就农业贸易问题在WTO提出争端解决的要求。
台湾农委会之前向台媒说，中国海关禁止台湾水果进口，“涉违反不歧视原则，超过保护标准，且似未公布相关法规，可能违反SPS协定条文。”其中提及的相关条文包括，第二条基本权利与义务，以及第五条风险评估及适当的检验或防疫保护水准的决定。
台湾农委会说，将比照澳洲向WTO申诉案例。
根据WTO程序，有会员申诉后，首先会是30至60日的要求咨询阶段，投诉方可以要求设立委员会，委员会召开聆讯、搜集证据并就争端作裁决，由搜证到有结果，过程大约需时180日。然后该委员会作出决定。
委员会的决定只有在所有成员国同意的情况，才可以推翻，否则将自动生效。
申诉耗时耗力，即使申诉成功在执行上也有困难，这逐渐让WTO仲裁的效力式微。许多国家都选择通过政治谈判解决类似贸易纠纷。
申诉是为了开启谈判？
以澳洲与中国的贸易纠纷作为比较，今年中，澳洲政府对中国祭出的葡萄酒反倾销税，向WTO提出申诉，此案至今仍在审理中。
当时澳大利亚外交部长佩恩便公开表示，提出这样的申诉才能“促进两国双边会谈”。
换言之，在WTO提出的申诉，是用来当作政治谈判施压的筹码，大于实质要求对方接受仲裁。亦即世贸仲裁机制会成为一种外交施压，迫使对方进入谈判。
2018年7月，美中贸易战正酣之际，中国与美国透过世贸起诉彼此，也是用来对彼此外交施加压力之手段。
分析台湾处境，今年初台湾凤梨遭禁时，台智库中华经济研究院WTO及RTA中心李淳博士便向台媒央广表示，以协商优先，向WTO提起申诉为最后选项是比较合适的办法，因为申诉将花上1年甚至1年半的时间。
李淳说，台湾可参考澳洲之前做法，“以协商为主，不排除申诉为辅，借此表态，显示我方积极捍卫权利，进而作为谈判筹码……重点是要解决问题，而非真的兴讼。”
但是，外界分析，在中方强硬的“战狼外交”手段以及两岸关系不睦的背景下，台湾要以提出WTO申诉为压力，希望中方坐上谈判桌，并不容易。
曾替WTO做法律咨询工作的香港大学法律系副教授詹姆斯·弗莱（James Fry）曾对BBC中文解释，贸易纠纷涉及强国，政治因素下令WTO的仲裁机制很难解决这些国家的纷争。
这也让区域间，较小范围的自由贸易协商机制，譬如跨太平洋伙伴全面进步协定（CPTPP）或区域全面经济伙伴协定（RECP）的重要性突出。
但目前，台湾尚未加入由中国主导的RECP及日澳的CPTPP，仅能向巨型组织WTO提出申诉。
香港大学经济学者陈衡也曾告诉BBC，地区国家互相较为熟悉，较容易协商，小范围的国际组织能更好保护国家的利益。大型多边主义组织不是特别有效。“进入一个大网络，你说不清谁受益、谁受损。”
两岸水果大战继续
台湾在WTO投诉中国，是两岸水果大战的延续。
在9月中秋节假期前夕，中国海关宣布对由于多次从台湾地区输入大陆的释迦和莲雾中检出检疫性有害生物大洋臀纹粉蚧，从9月20日起暂停上述两种水果的进口。
今年2月，大陆海关总署同样以检疫为由，决定暂缓对台湾凤梨的输入，引起台湾舆论议论纷纷。
根据台农业委员会数据，今年被禁的3种水果在台湾对大陆出口的水果总量中占前3位。台湾《自由时报》引用不具名政界人士观点表示，凤梨与莲雾种植地主要分布在南部，也就是民进党的票仓，但释迦主要生展地是台湾东部台东，那里是传统国民党票仓，据此中国对台湾的打压已“不分蓝绿”。