《东亚日报》报道称，在塔利班占领喀布尔后，日本政府派出了3架军用运输机和1架政府包机前往阿富汗，但仅有1名日本媒体驻当地记者于27日搭乘自卫队运输机离开阿富汗。26日有14名曾经协助日方的阿富汗人乘坐自卫队军机前往巴基斯坦，但这是依据美方要求进行的，实际上与日方无关。韩联社称，有批评的声音指出，日本政府“一开始就行动迟缓，保护本国公民和‘合作者’的意识薄弱”，此外，日本政府在撤离完日本驻阿大使馆外交官和官方常驻机构人员后，就对阿富汗当地职员表现出漠不关心的态度。日本共同社29日援引政府知情人士的话称，阿富汗国内还剩下日本大使馆和日本国际协力机构的当地职员及家属多达500人。
日本政府27日晚发布消息称，希望从阿富汗撤离的日本人都已乘自卫队飞机离开该国，之所以这样说，是因为日本自卫队的运输机抵达喀布尔机场后找不到要撤离的侨民和为日本政府机构服务的阿富汗职员及家属。这支派遣部队滞留在喀布尔机场，因受日本法律等限制，无法前往喀布尔市区接送登机人员，而大批需要登机的人因为26日喀布尔机场附近发生自杀式爆炸袭击而无法从市区抵达机场。
按照日本宪法和《自卫队法》，自卫队不是正式军队，前往喀布尔的自卫队人员只能在美军确保安全的区域活动，无法进入已经被塔利班占领的喀布尔市内。日本时事通讯社29日报道称，虽然日本政府表示将继续执行撤离任务，但其行动已经过了27日的最后期限，很难继续进行。日本TBS电视台报道称，有分析认为，美军撤离后，日本政府撤离人员行动将更加困难。日本政府在关注喀布尔治安的同时摸索使用民航飞机等其他手段。