邱太三上午与陈明通在陆委会出席交接典礼，接下主任委员的棒子。对于上任后的优先事项，邱太三指出，上任后首要处理“后疫情时代”的相关问题，台湾(专题)安全团队正评估各项情势，“政府”的两岸政策是延续的，未来将秉持过去拟定的各项政策做推动，“后疫情时代”的国际情势演变会有新的准备，目前正研拟相关因应政策。
邱太三称，接任主委之后，会秉持台湾地区领导人蔡英文(专题)的指示，面对后疫情时代，让两岸恢复交流。包含如何健康有序地来做推动，还有对各项手续进行建制，他称，“这是两岸人民共同的期待，我们一定会全力以赴。”
邱太三强调，最近这段期间，有很多两岸的好朋友向他传达，期待两岸关係能够春暖花开，带着大家的期许，他将与团队一同努力，全力以赴。
不过，对于“九二共识”的看法，邱太三称，他无法理解“如果一个方法做了一次无法达到正面效果，为何还要一直做？”他声称，两岸对于“九二共识”内涵上，有不同的解读，大陆“加上新的加注后，引发部分台湾民众无法接受”，如何做新的处理、务实地看待，才是重点。
对于日前中国外交部长王毅敦促美国方面停止纵容甚至支持“台独”分裂势力的错误言行，邱太三则回应称，不太清楚对岸对于“台独”的定义为何，会再进一步了解。
台湾有舆论认为，邱太三接陆委会主委，是蔡英文“向大陆释出善意”的第一步，邱太三回应，不清楚外界如何解读“善意”，不过从未对大陆有过恶意，期许双方能够务实面对两岸关系，在正面效益下，积极推动两岸交流。他称，两岸在政治层次方面比较敏感，源于双方互信不够，可以从非政治层面，例如经济、社会、文化方面交流，累积彼此互信。
据台媒报道，邱太三过去曾担任台当局法务主管部门负责人，外界推测民进党“立委”盼借重邱太三的法律专业，协助推动修正“营业秘密法”等，邱太三称，台湾作为大陆经济发展中很重要的一环 ，为了要维护整体台湾在整体经济上的优势，必须有所保护，但他也了解到，“营业秘密法”涉及范围广泛，相关业者会有所担忧，如何部分处理或是一并，相关部门还在研拟当中。